Ligesom uddannelses- og auditerings-Broen angiver en omhyggeligt opmålt, trin for trin sti til åndelig frihed, der består af stadigt stigende niveauer, så er de kirkelige organisationer i religionen Scientologi arrangeret i en hierarkisk struktur, der afspejler disse niveauer. På de lavere niveauer af dette hierarki findes individuelle hjælpere, der arbejder i et område (field-hjælpere), grupper og kirkemissioner, der udøver auditering og uddannelse på begynderniveau, og på de øvre niveauer findes større kirkelige organisationer, der udøver religiøs service på de avancerede niveauer i form af auditering og uddannelse.
Der findes en international ledelse, som dækker alle kirker, og som støtter, samordner og bidrager til kirkernes aktiviteter for at sikre, at den mentale og åndelige filosofi og teknologi i Dianetik og Scientologi, der blev udviklet af L. Ron Hubbard, står til rådighed for enhver, der ønsker at modtage den, og at den service, der tilbydes i Scientologi, bliver anvendt præcist efter L. Ron Hubbards forskrifter.
Scientologi kirkerne er organiseret således, at de er registreret hver for sig. Hver kirke har sin egen lokale bestyrelse med ledere, der er ansvarlige for dens egne aktiviteter og trivsel, såvel foreningsmæssigt som kirkeligt. Samlet udgør disse kirker et omfattende internationalt netværk bestående af mere end 5.000 kirker, missioner og grupper. Næsten 22.000 scientologer virker som medarbejdere i disse kirker og missioner og i forbundne grupper og organisationer verden over.
