Varemærker er juridiske garantier for den ægte oprindelse af de materialer, som de identificerer. Adskillige ord og symboler repræsenterer Scientologis mange forskellige bestanddele. Faktisk er ordene ”Scientologi” og ”Dianetik” varemærker i sig selv, og sammen med de andre mærker forhindrer de en uautoriseret anvendelse af navne, symboler og materialer fra Scientologi og sikrer således ortodoksien i religionen og dens udøvelse. Nedenfor er anført nogle få eksempler på varemærker, der er registreret overalt i verden:

Scientologi symbolet er et varemærke, der omfatter bogstavet ”S” for Scientologi, ARC-trekanten og KRC-trekanten. Det identificerer materialer og tjenester (engelsk: services) i Scientologi religionen i hele verden.
Dianetik symbolet, der blev introduceret i 1950, er et varemærkesymbol, der forestiller de fire dynamikker i Dianetik.
Tilstanden opererende thetan (engelsk: Operating Thetan) bliver symboliseret gennem et særligt varemærke, OT symbolet.
Scientologi korset er et varemærke, hvor de otte spidser repræsenterer hver af de otte dynamikker.